この法案は、2002年の第154回国会に提出され、2003年の衆議院解散の際に廃案となった法案だが、2005年2月、突然政府・与党が一部修正を加えた上で再提出する方針を固めた。しかし、自由民主党 (日本) 自民党内で反対意見が噴出した。自民党執行部は、2005年7月に第162回通常国会での法案提出を断念した。だが、自民党の中川秀直国対委員長は2005年9月18日に放送されたサンデープロジェクトで法案が再提出されるであろうと言う見通しを示し、同年9月29日の参議院本会議では民主党 (1996-) 民主党の神本美恵子議員の人権侵害の問題に関する質問に対して、小泉純一郎内閣総理大臣が「人権擁護法案を、出来るだけ早期に、提出出来るように努めて参ります」と答弁して法案成立に意欲を見せた。
