苗木藩（なえきはん）は、美濃国恵那郡・加茂郡の一部（現在の岐阜県中津川市苗木）に存在した藩。
苗木藩の藩祖は、遠山友政である。友政は美濃の豪族で、父の遠山友忠とともに織田信長の家臣として仕えていたが、信長死後の東美濃騒動、さらに徳川家康に与したために所領を失い、苗木は川尻氏の所領となった。慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いで川尻氏は西軍に与したため、戦後に所領を没収され、代わって東軍に与して武功を挙げた友政に1万500石が与えられて旧領復帰が許された。ここに、苗木藩が立藩したのである。友政はその後、大坂冬の陣では桑名城の守備、大坂夏の陣では松平忠明に属して武功を挙げ、元和5年（1619年）12月19日、苗木で死去した。
